نراقى نيز در آتش اشتياق زيارت ائمه طاهرين ( عليهم السلام ) مىسوخت و از خدا مىخواست تا به اعتاب مقدسّه مشرف شود ، و بالاخره حضرت حق اين توفيق را نصيب او كرد ، تا نجف و كربلا و كاظمين و سامرا را زيارت كند . وقتى وارد نجف شد طبق رسم آن زمان همه علماء به ديدن آن عارف و معلم اخلاق رفته و او هم به بازديد آنها رفت . تنها كسى كه از او ديدن نكرد ، سيد مهدى بحرالعلوم بود . نجف از اين واقعه شگفت زده شد ، همه از هم مىپرسيدند ، علت چيست كه سيد به ديدار ملامهدى نرفته است ؟ ! نراقى بزرگوار احوال سيد را جويا شد ، و نشانى خواست و به ديدار او شتافت به طورى كه همه از اين كه بر خلاف رسم آن زمان ملامهدى به ديدار سيد مىرفت در عجب بودند . وقتى نراقى ( رحمهم الله ) وارد مجلس شد ، عده‌اى از علما و طلاب حضور داشتند ، و به احترام او بلند شدند ، ولى سيد توجهى نكرده ، و تا آخر رعايت ادب و احترام را نسبت به او بجا نياورد ! ! نراقى بدون ناراحتى خداحافظى كرده به خانه بازگشت ، قضيه برخورد سيد با نراقى در نجف موجب تعجب همه علماء و طلاب شده بود ، پس از چند روز بار ديگر مرحوم نراقى به ديدار سيد شتافت ، ولى باز به همان منوال و شايد سردتر مجلس طى شده ، ولى باز مرحوم نراقى بدون ناراحتى و بدون اينكه خم به ابرو آورد بازگشت ، كم‌كم سفر نراقى رو به پايان بود ، و نجف در حيرت ، در روزهاى آخر مرحوم نراقى براى خداحافظى به ديدار آن مرد الهى شتافت ، وقتى وارد شد ، حاضران اين بار با كمال تعجب ديدند ، سيد با كمال خضوع تا نزديك درب به استقبال نراقى آمد ، و چون عبدى كه مولايش را در آغوش مىگيرد ، نراقى را در آغوش گرفت ، بسيار به وى احترام كرد ، و چون شاگردى در برابر استاد نشست .